Berdasarkan Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara dan Peraturan Pemerintah Nomor 23 Tahun 2005, BLU memiliki fleksibilitas untuk menggunakan pendapatan sendiri secara langsung tanpa harus disetor ke kas negara terlebih dahulu.

Dalam konteks Taman Nasional Komodo, ini berarti pendapatan dari tiket masuk, jasa pemanduan, atau izin penelitian-yang sebelumnya mengalir ke pusat dan kembali setelah berbulan-bulan melalui mekanisme Daftar Isian Pelaksanaan Anggaran (DIPA)-kini dapat langsung dimanfaatkan untuk kebutuhan operasional kawasan.

Ini sebuah paradigma baru , merubah birokrasi yang kaku menuju manajemen konservasi yang professional, adapatif, inovatif dan berkelanjutan. Kebutuhan akan status BLU ini bukan muncul tiba-tiba dan tidak terlepas dari tren kenaikan drastis pendapatan TNK.

Selama bertahun-tahun, pengelola TNK menghadapi kendala klasik: anggaran dari APBN sering kali tidak cukup dan proses pencairannya berlarut-larut sementara tantangan terbesar yang dihadapi adalah kecepatan merespons kerusakan ekosistem, pelaksanaan patroli, serta perbaikan fasilitas.