Meski demikian, sisa sampah makanan yang tidak termanfaatkan tetap mengindikasikan kekhawatiran serius. Sekitar 25% sampah makanan di Labuan Bajo masih berakhir di TPA Warloka, padahal sampah organik berpotensi terdekomposisi secara anaerobik dan menghasilkan gas metana.

Metana merupakan gas rumah kaca yang memiliki dampak pemanasan global 28 kali lebih kuat dibanding karbon dioksida.

Dampak iklim yang ditimbulkan menjadi signifikan, mengingat Labuan Bajo merupakan wilayah pariwisata yang mengandalkan keindahan alamnya.

Selain dampak lingkungan, kondisi ini juga mencerminkan kerugian ekonomi akibat sumber daya organik yang seharusnya dapat diolah menjadi kompos, pakan ternak, atau produk ekonomi sirkular lainnya justru berakhir menjadi sumber pencemaran dan meningkatkan biaya pengelolaan sampah.

Penelitian ini juga menyoroti konsekuensi dari terbatasnya layanan pengangkutan sampah formal. Sekitar 9% sampah makanan berakhir di laut, sebagian besar berasal dari kapal wisata dan kapal pinisi, serta rumah tangga pesisir. Mereka mencari cara pembuangan yang paling praktis dengan membuangnya langsung ke laut.